在无尘车间的应用中，除了根据清洁度要求控制和净化不同粒径的尘粒外，菌落控制也是环境控制点之一，主要是制药、医疗器械、生物、食品工业应用的无尘车间或实验室对菌落有严格的要求。
在日常生活中，霉菌的产生很常见。根据国外文献和实证研究，无尘车间霉菌的形成需要相应的湿度条件。通常，制药GMP无尘车间的较大湿度控制在70%以下可以避免霉菌的形成，因此对于无尘车间来说，GMP在监测点，湿度探头设置的警戒线通常为60%，行动限制为70%。只有当相对湿度较高时，才有形成霉菌的风险。文献指出，每天超过3小时的表面湿度达到60%-100%时，就有霉菌的风险。如果无尘车间的表面湿度达到80%，每天超过12小时，持续5天，那么霉菌就可能到来。
虽然无尘车间可以控制生产环境，使温湿度满足生产要求。然而，小提醒说，在日常运行中，还有很多问题需要注意。
1.空调净化要注意节能
其空调净化是主要的能源消费者，在设计和施工中需要采取节能措施。在设计、系统和区域划分、空气供应计算、温度和相对温度确认、清洁度水平确认和空气变化数量、新鲜空气比例、管道保温、管道生产咬合形状对气流阻力、法兰连接、空调风扇和冷水机组等设备的选择与能耗有关。因此，应考虑净化车间的这些细节。
2.调整自动控制装置
目前，一些制造商采用手动模式来控制风量和风压的调节，但由于控制风量和风压的控制阀在技能舱内，天花板也是彩钢的软屋顶。板基本上是安装和调试的。调整后，大部分未调整，无法调整。为了使无尘车间洁净室的正常生产和工作，应设置一套完整的自动控制装置。
3.风管既要经济又要效率
在其浓缩或净化空调系统中，对风管的要求既经济又易于使用。前者的要求体现在价格低廉、施工方便、运行成本低、内表面光滑度低等方面。后者是指密度好、无漏气、耐火、耐腐蚀。
4.电话和消防设备必不可少
在车间设置电话和对讲电话可以减少在清洁区域行走的人数，减少灰尘的数量，并在发生火灾时及时与外界联系，也可以提供正常的工作联系。此外，净化车间还应配备火灾报警系统，避免外部火源容易检测火灾，造成重大经济损失。
