兽药GMP车间要选择对兽药质量没有污染，大气含尘、含菌浓度较低，自然环境好的区域；人流、物流通道分开；动物房的设计要符合《实验动物环境及设施》的有关规定，并取得动物实验合格证；厂房面积要足够，要满足办公用房、检验用房、动物实验室、生产洁净厂房、缓冲通道、仓储用房等；做好三废处理。人员、物料各自设置净化室，进去不同洁净级别厂房的人员、物料分别设置不同的出入口，污染严重的物料，设置独立的出入口；不同洁净度级别的洁净室人员、物料进入时，要采取人净、物净处理；每一个洁净区都设立安全出口，人员、面积较小的，可只设立一个口；做好净化系统的配置，送风、回风、排风管道、新风处理设备、空调处理设备、送风末端设备；温度、湿度、噪音的控制调控；设置好工艺用水、工艺管道、工艺排水系统、电气配电、照明系统。
应按照兽药GMP要求对生产车间进行合理布局，不得随意改变洁净级别；确需提高洁净级别的，应采取有效的控制措施，避免人员、物流、生产操作及清洁灭菌等对产品、环境造成污染；最终灭菌大容量静脉注射剂应设置专用的生产车间；口服溶液剂不得与注入剂或非最终灭菌无菌注射剂共用生产车间；口服制剂不得与外用制剂共用生产车间；中药片剂、中药颗粒剂不得与粉剂、预混剂共用生产车间；片剂、颗粒剂不得与散剂共用生产车间；质量标准有微生物限度检查要求的产品，其生产环境应按照D级洁净区的要求设置；用于兽医手术器械消毒、乳头浸泡消毒以及有微生物限度检查要求的消毒剂，生产环境应按照D级洁净区的要求设置；环境用消毒剂如与需洁净区生产的消毒剂产品共用生产车间，生产环境应按照D级洁净区的要求设置，并应做好环境用消毒剂对D级洁净区的污染控制。
兽药GMP车间设备配置: 洁净厂房用到的传递窗、风淋室、生物安全柜、超净工作台、更衣柜、鞋柜、洗手池、高效过滤器等；动物实验室、检测实验室、理化实验室用到实验台、边台、带水槽中央台、天平台、试剂柜、储物柜、通风柜、原子吸收罩、气瓶柜等。
